王 超辰 - Chaochen Wang
王 超辰 - Chaochen Wang

Real World Evidence Scientist

    I was a faculty member in Aichi Medical University until 2021-09-30. Here is the home page of the department I worked before. I finished my MSc of Medical Statistics from the London School of Hygiene & Tropical Medicine in 2018 and PhD in Epidemiology from the Department of Public Health, Graduate School of Medicine, Nagoya University in 2016.
    You can find my cv here. I am capable of doing statistical analyses/computer programming using a variety of softwares including Python, MATLAB, STATA, SAS. However,I am a big fan of R as well as the open-source integrated development environment (IDE) Rstudio and many other open-source softwares, which might suggest that my daily life looks like this:


    But I am only a fan, not an expert. My personal interests are Bayesian Statistics, statistical methodology, nutritional epidemiology and real world evidence (RWE) generation using existing databases (suchs as electronic medical records, health insurance database, etc). This site you are visiting is the place to hold the materials I personally used or going to use for lectures/conference presentations, and a place to keep my memories.

    這裏是王超辰的個人網站。2016年3月底我終於取得日本名古屋大学的醫學博士學位,我的研究方向是慢性疾病的流行病學研究, 是我的個人簡歷。我從2015年4月至2021年9月在日本愛知医科大学医学部公衆衛生学教室做教員。如果你不能打開左邊的鏈接,說明你生活在東土大唐GFW淪陷區內,請學會(肉身)翻牆訪問我們研究室的主頁。我支持開源軟件,工作,生活和學習中主要在Ubuntu,及Rstudio環境下進行,堅持一邊學習,一邊使用R分析數據。平时業餘愛好是折騰折騰电脑,讀讀經濟學人/the Economist,智商平庸,痛恨GFW,每次回中國大陸超过一周時間就會出現渾身不適,惡心嘔吐等被牆症狀,每日19点症狀最爲嚴重。2017年9月我踏上留英一年之路,於2018年9月完成醫學統計學的碩士學位。我留學的地方是倫敦衛生與熱帶醫學院 LSHTM,如果你對公共衛生學,流行病學,或者是傳染病學防控,國際醫療保健,或者是對我所學的醫學統計學有興趣,牆裂推薦來 LSHTM 學習。這裡的教學和學習生活一定不會讓你失望。也歡迎參考我留下的留學學習筆記。這本小書只是我學習中的部分筆記,大量的知識無法及時,也很難用中文詳細解釋。不過我相信對於想入門數據科學,或者是想從事醫學研究的人來說,能起到一定的參考作用。也許世界上認為統計學最難的人,就是我們學習統計學的人了。書山有路勤為徑,學海無涯苦作舟。沒有紮實的功底,論文發表得再多,也會問出標準差和標準誤有什麼差別這樣的問題

    這是我第二次嘗試利用github+hugo託管個人網站,感謝開源社區的人們,你們才是人類進步的階梯。

    We are drowning in information and starving for knowledge.

    — Rutherford D. Roger

    Recent Posts

    Evidence and Evolution 前言部分簡要整理

    Sober, E. (2008). Evidence and evolution: The logic behind the science. Cambridge University Press.

    本書由哲學家 Elliott Sober 撰寫,旨在探討科學推理中的「證據」概念,特別聚焦於進化生物學中的自然選擇與共同祖先假說。〈前言〉部分奠定了全書的哲學與方法論基礎,強調哲學不只是抽象思辨,而是對科學推理方法的實質分析。作者不提供生物學事實支持進化論,而是分析如何使用證據來評估理論的可信度,並對智慧設計理論進行邏輯與可測性上的批判。

    一些精彩句子

    “The title of this book may be a little misleading, but I hope that the subtitle corrects a misapprehension that the title may encourage.” — Elliott Sober, Preface

    “My goal in what follows is not to pile up facts that support this or that proposition in evolutionary biology. Rather, I want to describe the tools that ought to be used to assess the evidence that bears on evolutionary ideas.”
    — Elliott Sober, Preface

    一趟漫長的旅程:將我的網站遷移至 Hugo Blox Builder

    經過過去幾周十分漫長且充滿了挫折的旅程,我終於將我的網站從舊的 Academic 主題遷移到全新的 Hugo Blox Builder 框架。這篇文章詳細記錄了整個過程、我遇到的挑戰,以及最終成功將所有變更合併到 master 分支的喜悅。

    遷移的動機與過程

    整個過程始於一個簡單的想法:將我網站的底層主題更新為一個更現代、更靈活且有活躍維護的解決方案。舊的 Academic 主題雖然服務多年,但已停止更新,而其繼任者 Hugo Blox Builder 提供了基於 Hugo 模組的現代化架構,是理所當然的選擇。

    為了確保遷移過程不影響線上網站的穩定,我建立了一個新的 theme-upgrade-2025 分支。這是一個至關重要的決定,讓我有空間進行各種實驗和修復,而不必擔心破壞 master 分支上的生產環境。

    遷移的具體步驟比預想的要複雜得多:

    1. 升級核心工具鏈: 新的 Blox 框架需要 Hugo Extended 的較新版本(v0.152.2 或更高)以及 Go 語言(v1.22+)來管理模組。第一步就是確保本地和 CI/CD 環境中的工具都已升級到符合要求的版本。

    2. 從主題到模組的轉變: 過去,我們只需在 config.toml 中設定 theme = "academic"。現在,我必須移除這一行,並修改 go.mod 文件,透過 Hugo 的模組系統來引入 Blox 的核心、Tailwind CSS 支援等不同功能的模組。這代表著一種架構上的根本轉變。

    3. 現代化 CI/CD 工作流程: 舊的 GitHub Actions 工作流程(.github/workflows/hugo.yml)還停留在依賴 R 語言和 blogdown 套件的陳舊設定。我對其進行了徹底的現代化改造,移除了 R 的依賴,改為使用 actions/setup-hugoactions/setup-go 來設定環境。此外,為了處理 Tailwind CSS,我還加入了 actions/setup-node 來安裝 Node.js,並執行 npm ci 來安裝依賴。最後,我還增加了一個 npm audit fix 步驟,以自動修復已知的安全漏洞,提升網站的安全性。

    2025年10月22日 星期三

    今日工作簡要回顧

    (下雨一整天,氣溫驟降,似乎跳過了秋天直接進入了冬季一般)

    今日概要

    主軸:

    • 問卷版本管理與一致性確認(患者/家屬 ver2.0)。
    • 觀察性研究 **Protocol(v2.0_clean)**文字校訂。
    • 多份 SAP 的模板合規與結構優化(含 mPC 調查草案、nmCRPC 與 CASSIUS)。
    • 與團隊就**樣本閾值(99 vs 100)**與分層與可行性交換意見。
    • 主要互動對象:M.S.、T.T.

    Milestone:

    • 問卷畫面確認
    • 統計分析計畫(SAP): 由 v0.1 擴充至 v0.2,聚焦模板合規(Heading、樣式、自動書籤)與黑字/藍字指引清理,保留尚未決定的統計章節為占位。

    收聽播客:

    1. 野史下酒關於秦始皇嬴政的母親,弟弟,等考證,參考《秦迷》
    2. 張志浩關於晴雯想活,尤三姐想死的討論。確實,兩個的死在《紅樓夢》裏令人蕩氣回腸。寶玉還給晴雯做了一篇長文的悼詞。可惜,公子哥就是公子哥,連晴雯死了還在追問,死的時候喊了誰?難道晴雯除了喊自己的媽媽,還必須要喊你寶玉不成?畢竟是來人間體驗的,不像我們只是一般人,從未體驗過仙道,所以只是爲了活著。神瑛侍者從未想過普通人不一定都要爲了他活著吧。只可嘆晴雯的死,居然那麽的卑微且可憐。也許,這兩位是在千八十囘曹雪芹筆下明確死去的,死的讓人覺得真的好似美好的事物被生生的毀掉了一樣。后40囘畢竟是別的人續的,紅樓夢之美,大概就在於它的未完成吧。

    2025年10月20日 星期一

    🏃 今日運動記錄:

    • 距離:10.1km
    • 用時:1小時3分24秒
    • 配速:每公里6分17秒
    • 最大心率:169 bpm
    • 平均心率:153 bpm

    早上的空氣帶著昨夜的潮意,路面微微濕。馬路車流擁擠,早高峰照舊。氣溫不算舒服,但正好適合慢慢把身體熱起來。邊跑邊聽《紅樓夢》播客,節奏被聲音牽著往前走——這種沉浸感讓跑步像換了一種腦內呼吸。

    跑完之後感覺狀態非常差,恢復得不太理想。不過我知道這是正常的,身體需要時間調整。我提醒自己要多喝水,好好休息,狀態會慢慢回來的。畢竟我已經堅持完成了今天的運動,這本身就是值得肯定的事。

    播客聆聽與個人感想

    今天聽的播客是由安大哥和陳小姐主持,在小宇宙平台上收聽。他們深度解讀了《紅樓夢》第一章的內容,探討了小說為何以“石頭記”作為開篇,並從女媧補天的神話切入,分析那塊被遺棄的石頭如何成為整部小說的核心象徵。 播客中提到,曹雪芹選擇女媧補天剩下的一塊石頭作為故事起點,是一種巧妙的文化象徵。這塊石頭後來幻化為賈寶玉,象徵著人間繁華與情感的體驗。這種開天辟地的設定,讓整部小說具有一種宇宙觀的深度。 我非常認同他們的觀點,尤其是《紅樓夢》作為中國古典文學中為女性立傳的獨特作品,書中對女性角色的描寫細膩而深刻。雖然故事圍繞的是貴族家庭,與我們普通人的生活有些距離,但其中展現的情感與人物塑造仍然令人感動。 我也聯想到《西游記》中孫悟空從石頭中誕生的設定,覺得曹雪芹用石頭作為人物起源的巧思非常精彩。這種神話與現實交織的手法,讓我對這部作品有了更深的理解與欣賞。

    90天工作回顧(2025年7月至10月)

    這段時間我完成了入職流程,熟悉了大部分的系統,並與部門同事建立了初步的合作關係。參與了幾個研究項目,從撰寫計畫書、設計問卷,到統計分析與報表草案,逐步累積了一些經驗。

    我也開始接觸資料庫研究工具,像是 ATLAS 與 OHDSI,雖然還在學習階段,但已經能應用在一些分析任務上。此外,我也參與了 AI 學習團隊的活動,雖然目前參與度不高,但希望接下來能更積極投入。

    成果亮點:

    • A 項目計畫書提前過審
    • 初步掌握 ATLAS 與 OHDSI 工具,並應用於實際資料分析
    • 與多位跨部門同事建立合作關係,順利推進多項任務
    • 在 A 與 D 項目中主導或協助撰寫統計分析計畫與報表

    未達預期的部分:

    • B 項目構想提交延遲,因內部審查尚未完成
    • 資料購買尚未落實,受預算限制影響
    • 在 C 項目中僅為觀察角色,尚未能實質貢獻
    • AI 學習團隊參與度不足,僅為旁聽者
    • 未能充分投入 ATLAS 與 OHDSI 工具學習,對於建立分析族群、事件分析、治療模式與視覺化技巧(如 Sankey 圖)仍需加強

    改進方向與行動計畫:

    • 加快 B 項目研究計畫撰寫與審批流程,力求年底前完成
    • 積極參與 C 項目討論與交付成果審閱,提升貢獻度
    • 規劃時間深入學習 ATLAS 與 OHDSI 工具,強化分析技能與視覺化表達能力
    • 主動使用 Copilot 帳號,參與 AI 學習與分享活動,提升在 AI 應用團隊中的角色與價值

    今天還有一個小成就,就是我在 VScode 裡面學會了使用 GPT-5 助手,客製化了公司自己的 web slide template。比起以前查論壇、自己摸索,現在有 AI 協助真的像是健步如飛,事半功倍。雖然我在圖片和字體的細節上花了太多時間,有點玩過頭了,但好處是這個模板今後可以一直使用,也算是一次值得的投入。

    2025年10月19日 星期日

    今天的節奏有些特別,從早上開始腦子就沒停過,一直在處理各種事。

    一早去了愛知池跑步(15KM)。天氣有點冷,或者說是涼爽。一起跑的東桑雖然只跑了一圈,但一路上聊了不少:孩子最近學會騎腳踏車的趣事、學習上的煩惱,還有諾貝爾醫學獎的話題。邊跑邊聊,身體在動,腦子也在動,感覺挺舒服的。

    回家後錄了一段影片,準備寄給上海交通大學的教授。拍的時候有點緊張,想讓語氣自然、內容清楚。錄完又反覆看了幾遍,覺得光線不太理想,但還是決定先發出去。影片寄出後心裡稍微輕鬆了一些,但又開始擔心:對方看了會怎麼想?是不是還需要補充說明?心裡有點忐忑。

    白天幾乎都在和 ChatGPT 對話。今天算是一個新的開始,正式啟動用語音記錄生活的計畫。希望每天晚上都能把這些零碎的語音轉成文字,讓日子留下痕跡。不是為了抒情,只是希望未來回頭看的時候,能清楚知道那一天發生了什麼。

    下午的時候,心裡開始擔心廈門的家。母親目前和我們一起住在日本,每個月 1 日都會收到銀行自動扣除上個月電費的通知,但這個月已經過了兩週,卻遲遲沒有收到任何訊息,實在太反常了。

    這讓我開始懷疑是不是家裡停電了。如果真是這樣,那冰箱裡儲存的食物恐怕早就壞了,光是想到就覺得頭疼。最初是透過監控畫面發現冰箱的電源燈沒亮,心裡一陣疑惑。可能是停電,也可能是插頭鬆了,或是斷路器跳了。但越想越不確定——冰箱裡是不是還有冷凍食物?如果斷電時間太久,損失可能不小。

    我下午請了叔叔、嬸嬸去家裡幫忙查看,結果發現冰箱裡的東西已經全都爛掉、臭掉了,真的很頭痛。只好麻煩他們把冰箱整個清理乾淨。想到這件事,心裡除了感謝,也覺得很過意不去。所以傍晚時又想下次回國時要帶些禮物給叔叔、嬸嬸感謝他們的幫助。腦中閃過幾個具體的東西:也許帶些日本的點心、保溫瓶或小禮盒。他們平時對家裡幫忙很多,總覺得應該帶點心意回去。

    夜深後出門去買牛奶。家裡的牛奶喝完了,明天早上孩子還要喝。夜裡的空氣有點涼,便利商店的燈光特別明亮。買完牛奶回家的路上,心裡稍微平靜了一些,覺得至少明早不會手忙腳亂。

    臨睡前又把今天的語音想了一遍。雖然一天裡沒發生什麼特別大的事,但有些事情還是值得記錄:那些反覆確認的小動作、遠方家裡的擔心、早晨愛知池的涼爽與對話、還有夜裡出門買牛奶的那段路。希望上海交大營養學專業的後輩學生們看到我的影片後能有所啓發,也許能在他們未來的學習路上,添上一點點助力。

    Projects
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    Pooled/meta analysis or systematic review papers

    Pooled/meta analyses or systematic reviews I conducted or joined

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    Chrononutrition featured image

    Chrononutrition

    Understand the time when you eat-chrononutrition

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    Medical Statistics@LSHTM

    Learning Notes in London School of Hygiene & Tropical Medicine

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    Aichi Workers' Cohort Study featured image

    Aichi Workers' Cohort Study

    A cohort study of cardiovascular diseases in a worksite in central Japan

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    Health researches I joined in Palau featured image

    Health researches I joined in Palau

    You may find more information/pictures from the homepage of the department of Public Health and Health System at the Nagoya University

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    the Japan Collaborative Cohort (JACC) Study featured image

    the Japan Collaborative Cohort (JACC) Study

    the Japan Collaborative Cohort (JACC) Study, JACC Studyは日本人の生活習慣ががんとどのように関連しているかを明らかにすることを目的としています

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    Recent Publications

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    Teaching Materials

    令和3年(2021)

    1. 公衆衛生学講義 – 人口統計, 4/14, am, Slides only available upon request.
    2. 基礎医学セミナー, 7/29, am, 基本再生産数について (Basic reproduction number R$_0$), slides
    3. 基礎医学セミナー, 7/30, am, これからの薬剤疫学研究, Slides only available upon request.

    令和2年 (2020)

    1. 基礎医学セミナー, 7/29, am, 基本再生産数について (Basic reproduction number R$_0$), slides
    2. 公衆衛生学実習,09/30,am,EZRを利用したデータ解析の基本と演習,slides参考資料

    平成31年/令和1年 (2019)

    1. 基礎医学セミナー1st, 2/13, am, Understand Sensitivity and Specificity, slides
    2. 基礎医学セミナー2nd, 2/18, am, Pubmed and etc., slides
    3. 基礎医学セミナー3rd, 2/18, pm, Systematic review, slides
    4. 基礎医学セミナー4th, 2/21, am, Julie Huang (Stanford U.): H. pylori finds its home, video; Microbiology - Helicobacter Pylori (Ulcer), video

    平成29年 (2017)

    1. 栄養疫学 (Nutritional Epidemiolgoy), 4/17, slides

    平成28年(2016)

    1. 基礎医学セミナー1st, 4/21, Introduction, slides
    2. 基礎医学セミナー2nd, 4/28, Pubmed and etc., slides
    3. 基礎医学セミナー3rd, 5/19, About Zotero, slides
    4. 基礎医学セミナー4th, 5/26, Critical appraisal of the literature, slides
    5. 疫学演習, 6/20, slides
    6. 社会医学実習, 6/23, Guidance, textbook, example
    Presentations

    2023

    1. Journal Club in Lilly: Wakabayashi, R., Hirano, T., Laurent, T., Kuwatsuru, Y., & Kuwatsuru, R. (2022). Impact of “time zero” of Follow-Up Settings in a Comparative Effectiveness Study Using Real-World Data with a Non-user Comparator: Comparison of Six Different Settings. Drugs Real World Outcomes. https://doi.org/10.1007/s40801-022-00343-1. @HOME, 9th Mar, Oral, slides available upon request.

    2021

    1. Proposal to ACC: Seaweed intake and the risk of thyroid cancer., @HOME, 15th Jan, Oral, slides
    2. Causal Inference Study Group for CSS – Chapter 04, @HOME, 15th Jan, Oral, slides
    3. Causal Inference Study Group for CSS – Chapter 05, @HOME, 5th March, Oral, slides
    4. Causal Inference Study Group for CSS – Chapter 06, @HOME, 2nd April, Oral, slides
    5. Introduction and examples of Bayesian Statistical Modelling for RWD Research Group, @HOME, 30th Aug, Oral, slides

    2020

    1. JACC study research meeting, JACC研究班会議, Nagoya, Japan, 14th Jan, Bayesian Survival Analysis – test on the JACC study data, Oral slides;
      Handout 1, traditional Cox PH model results;
      Handout 2, Bayesian Survival Analysis crude results.

    2. The 30th Annual Scientific Meeting of the Japan Epidemiological Association, Kyoto, Japan, 21st, Feb, Associations between food groups and eating time slots by diabetes status in UK adults, O-024, Oral, slides.

    3. Propensity Score Analysis (PSA) - Day2, Nagoya, 28th Feb, CSS Statistical Study Group, Oral, slides.

    4. Cohort Study - basic knowledge and analysis, @HOME, 28th April, CSS Statistical Study Group, Oral, slides.

    5. Meta-analysis - with examples, @HOME, 29th May, CSS Statistical Study Group, Oral, slides

    6. Survival Analysis, @HOME, 19th June, Oral, slides.

    7. Causal Inference Study Group for CSS – Chapter 01, @HOME, 31st July, Oral, slides

    8. Causal Inference Study Group for CSS – Chapter 02, @HOME, 4th Sep, Oral, slides

    9. Causal Inference Study Group for CSS – Chapter 03, @HOME, 4th Dec, Oral, slides

    2019

    1. The Annual Scientific Meeting of the Japane Epidemiological Association, Tokyo, Japan, 31th Jan, The day-time patterns of carbohydrate intake in the UK - results from the NDNS RP (2008-16), Poster P109.

    2. 名大愛知医大名市大ゲノム勉強会1, Nagoya, 12nd March, Simple introduction of the project done in the UK, Oral, slides.

    3. Understand Logistic Regression, Nagoya, 7th July, CSS Statistical Study Group, Oral, slides, practice material.

    4. Directed acyclic graphs (DAGs), Nagoya, 26th Aug, CSS Statistical Study Group, Oral, slides.

    5. 疫学懇話会, Nagakute, Aichi, 17th Sep, AMU, Mining the National Diet and Nutrition Survey (NDNS RP) data, Oral, slides.

    6. The 13th European Nutrition Conference, Dublin, Ireland, 15 - 18 October 2019, Mining relationships between food groups, eating time slots and diabetes status in adults from UK NDNS RP, Poster.

    7. Propensity Score Analysis (PSA), Nagoya, 13th Dec, CSS Statistical Study Group, Oral, slides.

    2018

    1. Project Talk of my MSc of Medical Statistics@LSHTM, London, 23th April, The timing of carbohydrates intake in the UK population, Oral, slides.

    2. Internal seminar webslides@AMU, Nagakute, 3th Oct, Basic survival analysis, oral, slides.

    3. Some slides about the year in LSHTM 2017-09/2018-09, slides.

    4. The day-time patterns of carbohydrate intake in the UK adults – results from the NDNS RP (2008-16), Winter Meeting of the Nutrition Society, 4–5 December 2018, London, Optimal diet and lifestyle strategies for the management of cardio-metabolic risk, Oral & Poster, poster.pdf, abstract, Journal site.

    2017

    1. 名大愛知医大名市大ゲノム勉強会1, Nagoya, 16th May, Introduction of the usage of GCTA program, Oral, slides.

    2. 名大愛知医大名市大ゲノム勉強会2, Nagoya, 20th June, Preliminary results of GWAS analysis of Psychological Traits in Okazaki Cohort Study, Oral, slides.

    3. 基盤(B)井上班班会議, Tokyo, 14th July, がん関連感染症の出生年別保有率推計方法, How to estimate prevalence of H. pylori by birth year in Japanese population, Oral, slides.

    4. The 21st International Epidemiological Association (IEA) World Congress of Epidemiology (WCE2017), Saitama, Japan, 19th~22th August, Prevalence of H.pylori infection in Japan by birth cohort, from 1908 to 2003 – a systematic review and meta-regression analysis. Poster P1-57.

    2016

    1. 日本ヘリコバクター学会, Beppu, Oita, 24-26th June, Safety of Metronidazole, Oral, slides.

    2. 加藤班会議, Sapporo, Hokkaido, 15~16th Jan., Comparison of Urinelisa and Rapirun, Oral, slides.

    3. 日本疫学会学術総会, JEA, Yonago, Tottori, 21-23th Jan, Milk and stroke risk, Poster, Slides, P1-027, Abstract.

    2015

    1. 疫学懇話会, Nagakute, Aichi, 14th Sep., Epidemiological Forum in Nagoya, Oral1; 2; 3.

    2014

    1. 20th IEA World Congress of Epidemiology, Anchorage, Alaska, USA, 17-21th Aug., Family history and diabetes, Poster P-2199, Abstract.

    2013

    1. 日本公衆衛生学会総会, Tsu, Mie, 23~25th Oct, Seaweed intake and thyroid cancer, Poster P-0103-9, Abstract.

    2. 日本疫学会学術総会, Osaka, 24-26th Jan., Milk intake frequency and overall mortality, Poster, Abstract.

    2012

    1. 日本疫学会学術総会, JEA, Tokyo, 26-28th Jan., CRP and Diabetes Incidence, Poster P2-063, Abstract.

    2. 日本循環器病予防学会,Kyoto, 16th June, Association between high sensitivity C-reactive protein and incidence of type-2 diabetes mellitus in Japanese male and female workers, Abstract, Slides, Photos.

    2011

    1. 日本疫学会学術総会, JEA, Sapporo, Hokkaido, 21-22th Jan., $\omega$-3 PUFA and liver fat content, Poster PP1-056, Abstract.

    2. The 9th International Symposium on In Vivo Body Composition Studies, IBC-2011, Hangzhou, China, 21-24th May., C3 and liver fat content, Poster P-24, Abstract.

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